杭州市气象局实行上级气象主管机构与杭州市人民政府双重领导、以上级气象主管机构领导为主的管理体制
在上级气象主管机构和杭州市人民政府领导下，根据授权承担杭州市行政区域内气象工作的政府行政管理职能，依法履行气象主管机构的各项职责。
杭州市气象局现有在编人员143人。其中硕士以上学历5人;本科以上学历68;高级工程师9人，工程师75人。
杭州市气象局内设办公室(政策法规处、雷电防御管理办公室)、业务科技处(科技服务管理处、杭州市人工影响天气办公室)、人事教育处、计划财处4个职能处(室);直属事业单位4个;杭州市气象台(杭州市气象应急预警中心)、杭州市气象信息中心、杭州市环境气象中心(杭州市防雷中心)和杭州市气象网络中心(杭州市气象技术装备保障中心);同时，处级地方气象服务机构1个;下设8个区、县(市)气象局(台、站)。杭州国家气候观象台为全省观测项目最齐全的观测站，有高空、地面、日射、酸雨、紫外线、负氧离子、大气电场和GPS/水气及土壤墒情等观测项目;临安大气本底污染监测站为华东地区唯一的大气本底污染监测站。
杭州市气象局是浙江省文明单位、浙江省及全国气象部门文明服务示范单位、杭州市创建文明行业先进单位、杭州市文明行业。杭州市气象台先后被命名为省级青年文明示范岗、市级文明单位及市级文明服务示范点;杭州国家气候观象台被命名为市级文明单位。2007年杭州市气象局被中国气象局授予全国气象部门文明台站标兵光荣称号。
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