上海大学计算机工程与科学学院的历史可追溯到成立于1959年4月的上海科学技术大学计算机技术系(1978年改称计算机科学系)。1988年,上海工业大学计算机工程系和上海科学技术大学计算机科学系联合成立了计算机学院。